La découverte de la pénicilline en 1928 par Alexander Fleming a initié l’âge d’or de découverte des antibiotiques. Cette découverte majeure a permis, en moins de 100 ans, de révolutionner la médecine moderne et d’améliorer la longévité humaine. Depuis, le déclin graduel de la recherche et du développement d’antibiotiques, parallèlement à l’évolution des mécanismes de résistance, ont conduit à la crise d’antibiorésistance que l’on connaît aujourd’hui.
Les dangers d’une ère post-antibiotique ont incité les politiciens à prendre en compte cette menace envers la santé humaine et à promettre des actions, notamment en termes de financements. Par conséquent, cela a conduit à une résurgence graduelle de l’intérêt dans la recherche et du développement d’antibiotiques. Ainsi, une des recommandations principales de la communauté scientifique est de stimuler la recherche de nouveaux médicaments. Du fait du manque relatif de succès dans la mise en place clinique de nouveaux antibiotiques synthétiques efficaces, le meilleur espoir pour développer une nouvelle génération de médicaments anti-infectieux serait donc de découvrir de nouveaux produits naturels d’origine microbienne. Actuellement, les Actinomycètes filamenteux sont à l’origine de 64% des classes d’antibiotiques d’origine naturelle, le reste des produits naturels étant issu d’autres bactéries ou champignons.
Plus récemment, la découverte de nouvelles souches microbiennes productrices d’antibiotiques dans des environnements sous-explorés, notamment soutenue par de nouveaux outils d’exploration du génome, a permis de revigorer le domaine de découverte des produits naturels. En effet, il est clair aujourd’hui que seulement une très petite partie des sols et milieux naturels ont été échantillonnés et étudiés pour la production d’antibiotiques. Ainsi, faire un échantillonnage plus large de ces milieux permettrait de mettre en avant de nombreuses nouvelles souches et BGCs (Biosynthetic Gene Cluster, ou clusters de gènes biosynthétiques), y compris dans des environnements déjà étudiés auparavant.
De plus, le séquençage du microbiote humain a révélé plusieurs BGC de produits naturels à travers les Actinobactéries et d’autres phyla bactériens. Par exemple, l’antibiotique lactocilline a été identifié à partir d’un isolat vaginal humain. Un autre composé antibactérien appelé lugdunin a été isolé à partir de la bactérie commensale nasale Staphylococcus lugdunensis. Cette dernière empêche la colonisation de la flore par Staphylococcus aureus et est active dans les modèles animaux avec une plus grande barrière au développement de résistances.
Enfin, le développement de meilleures méthodologies d’échantillonnage combiné aux nouveaux outils génétiques et technologiques pour activer des BGC intéressants, permettrait de conduire à la découverte de milliers de nouveaux composés bioactifs dans les 20 prochaines années. Une partie de ces composés pourrait fort probablement constituer la base de lancement de nouveaux anti-infectieux à usage clinique.
Alexandra DAVID
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